Op 18 november 2025 overleed Herman Noordegraaf in de leeftijd van 74 jaar. Van 1998-2018 was hij onderzoeker, docent en bijzonder hoogleraar Diaconaat aan de Protestantse Theologische Universiteit. Hij was al geruime tijd ongeneeslijk ziek, maar omdat de ziekte relatief lang stabiel was kreeg hij gelegenheid om nog te boeken af te ronden, artikelen te schrijven en lezingen te verzorgen. Daardoor komt zijn overlijden voor velen toch onverwacht.